Quimicamente a gordura presente no leite esta majoritariamente na forma de triglicerídeos, que são compostos formados por três moléculas de ácidos graxos unidas na glândula mamária a uma molécula de glicerol. A gordura no leite contem 17 ou mais tipos de ácidos graxos, variando quanto ao número de carbonos na cadeia de 4 a 20. Vacas leiteiras excretam no leite uma quantidade de gordura maior do que a consumida na dieta. Cerca de metade da gordura excretada é sintetizada no organismo animal a partir de fontes não-lipídicas. Ácidos graxos com cadeias de 18 a 20 carbonos passam do sangue para a glândula mamária e têm origem na dieta ou na síntese de ácidos graxos feita pelo tecido adiposo do bovino e representam cerca de 55% dos ácidos graxos presentes no leite. Cerca de 50% dos ácidos graxos com 16 carbonos (palmítico) também tem origem na dieta e no adiposo, enquanto a outra metade é sintetizada pela própria glândula mamária, principalmente a partir de acetato, um produto da fermentação ruminal. Cadeias de carbono variando de 4 a 14 átomos são sintetizadas na glândula mamária.

Dietas com quantidade excessiva de gordura ou deficientes em fibra podem deprimir a síntese de ácidos graxos de cadeia curta pela glândula mamária, reduzindo a porcentagem de gordura do leite. Em leite com baixo teor de gordura ocorre redução mais acentuada nos ácidos graxos com menos de 16 carbonos. A etiologia do distúrbio é comum aos nutrientes gordura e carboidrato. Ácidos linoléicos conjugados (CLA, C18:2) e o ácido octadecenóico (C18:1, trans-11) são produzidos no ambiente ruminal. Vários isômeros de CLA têm sido isolados do conteúdo ruminal.
Estes ácidos graxos, com presença de uma ou duas ligações duplas entre átomos de carbono, são compostos intermediários formados durante a biohidrogenação de ácidos graxos insaturados pelos microorganismos do rúmen. Fontes de óleo ricas em ácidos graxos insaturados são óleo de peixe e óleos vegetais. Os microorganismos ruminais hidrogenam a gordura insaturada (transformam ligações duplas entre carbonos em ligações simples) como forma de defesa e para suprir a sua exigência nutricional por ácido octadecenóico. Ácidos graxos insaturados são tóxicos para vários microorganismos. Por exemplo, no metabolismo ruminal do ácido linoleico (C18:2, cis-9, cis-12) a ácido esteárico (C18:0, totalmente saturado), tanto o CLA C18:2, cis-9, trans-11 quanto o ácido octadecenóico são produtos metabólicos intermediários.

Quando existe excesso de substrato ou queda no pH ruminal, estes ácidos graxos intermediários podem se acumular no conteúdo ruminal, aumentando a sua absorção pelo intestino. Excesso de gordura insaturada na dieta, o que aumenta a quantidade de substrato a ser saturado, pode induzir aumento destes ácidos no rúmen. Queda no pH ruminal, induzida por abaixamento da fibra dietética, excesso de carboidratos de rápida fermentabilidade no rúmen, baixa freqüência diária de alimentação concentrada, dentre outras causas, também pode induzir aumento nestes ácidos graxos. Isto parece se explicar pelo efeito inibitório do baixo pH sobre a atividade dos microorganismos responsáveis pelos passos metabólicos finais na biohidrogenação de ácidos graxos, induzindo acúmulo dos intermediários. Estes seriam mecanismos propostos para explicar a queda no teor de gordura no leite em vacas consumindo dietas com teor excessivo de alimentos concentrados ou óleo. Infusões abomasais mínimas de CLA têm mostrado ser efetivas para deprimir a excreção mamária de gordura em gado de leite (Baumgard et al., J. Am. Physiol. 278: R179, 2000).

Curiosamente, estes ácidos graxos intermediários absorvidos no intestino são incorporados aos triglicerídeos sintetizados pela glândula mamária. Leite com baixo teor de gordura tem alta proporção de ácidos graxos trans na gordura. Estes têm mostrado ser benéficos à saúde humana, os tais ômega-3. Toda gordura dietética em excesso é prejudicial à saúde, mas em quantidade equilibrada alguns ácidos graxos específicos podem contribuir para a saúde humana. Portanto, prefira lácteos naturalmente ricos em ômega-3, ou seja, oriundo de vacas leiteiras produzindo leite com baixo teor de gordura !